本文描述了快速和灵敏的对全细胞溶解产物分析方法，首先是快速简单的1D-SDS PAGE分离，然后是LXQ线性离子阱的LC/MSn分析。数据清楚表明LXQ具有很好的分析速度和灵敏度，非常适合于分析蛋白质复杂样品。延长的色谱梯度分离，结合凝胶分离降低了样品的复杂性，增加了SEQUEST可搜索MSn谱图的数量，随后的蛋白质识别可靠性。在这个实验中，45分钟的运行时间内识别出79个蛋白质;梯度时间延长到150分钟时，可识别222种蛋白质;将全细胞溶解产物凝胶带分隔成5个明显的切片时，利用150分钟时间梯度，识别出360种蛋白质。使用2D-凝胶分离经常丢失的，与发病机理相关的不同大、小膜蛋白和大分子蛋白质也同样被识别。通过使用更长的时间梯度，两个分常大悬浮蛋白质(>450 kDa)也被识别。

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